馬偕紀念醫院創立於1880年,是北台灣最古老的西式醫院,140多年來從事醫療傳道,造福無數病患。但近年來醫療生技快速進步, 深切體會到沒有基礎研究及教學的支持,臨床服務有其侷限,傳承不易,尤其社會環境丕變,醫療人員服務奉獻的熱情日漸淡薄,有感於此,馬偕紀念社會事業基金會也就是馬偕紀念醫院的董事會遂於1995年開始籌設醫學院,立意以耶穌基督救世服務人群的愛心, 效法馬偕博士「寧願燒盡,不願銹壞」之精神,結合馬偕紀念醫院既有之臨床醫療基礎、充沛之研究與教學能力,培育富有尊重生命、關懷弱S族群之醫療專業人才,並以基督信仰為基礎,提供學生「身、心、靈完整醫治」之全人醫學教育訓練為前提,設校興學。歷經十餘年的努力,於2009年3月30日立案申請通過,教育部准予立案並同意於同年開始招生。